Dobro je poznato da uporaba antibiotika, dovodi do razvoja antimikrobne rezistencije što je povezano s povećanim mortalitetom, produljenim boravkom u zdravstvenim ustanovama i troškovima liječenja.
Usto, učestalo se tijekom uporabe antibiotika mogu javiti gastrointestinalne tegobe, Clostridioides difficile enterokolitis, gljivične infekcije, alergijske reakcije, ali i rjeđa, potencijalno ugrožavajuća stanja poput oštećenja bubrežne ili jetrene funkcije.
Posljednjih se nekoliko godina sve više važnosti pridaje drugim mogućim dugoročnim posljedicama korištenja antibiotika, što je objašnjeno prvenstveno utjecajem antibiotika na crijevnu mikrobiotu.
Među stanjima koja se dovode u vezu s uporabom antibiotika se navode alergije, astma, debljina, šećerna bolest tip II i druge.
Stope upalne bolesti crijeva u porastu su, posebno u zapadnom svijetu, što je uz druge čimbenike povezano i s učestalijom primjenom antibiotika i promjenom crijevnog mikrobioma.
Sve je više dokaza koji sugeriraju da je održavanje ravnoteže mikroorganizama crijeva (mikrobiom) važno za održavanje zdravlja te postoji bojazan da poremećaj mikrobioma povezan s antibioticima može imati značajne posljedice za zdravlje.